Ufficialmente Pozzallo inizia la sua attività come Ufficio Marittimo nel 1935, mentre la sua attività di scalo marittimo inizia negli anni 70-80 quando viene ultimata la grande diga foranea, attualmente molo di attracco delle navi mercantili che quotidianamente portano materie prime per le aziende di trasformazione della Sicilia orientale. Successivamente viene istituito un collegamento fisso tra
Pozzallo e Malta, inizialmente solo per il trasporto di passeggeri e successivamente, sempre tramite catamarani, anche per il trasporto di auto e mezzi pesanti. Il porto commerciale di Pozzallo è riservato a navi passeggeri e mercantili; è protetto da una diga foranea a due bracci e da un molo di sottoflutto . Il tratto della diga foranea orientato ad est è dotato di una banchina lunga 600 m dove possono ormeggiare grosse navi con pescaggio massimo di 9,5 m. A nord del porto commerciale vi è un bacino portuale utilizzato da imbarcazioni sia da pesca che da diporto , racchiuso da due dighe di sopraflutto e sottoflutto e dotato di alcuni pontili galleggianti.
