Svému účelu přestalo sloužit v 60. století. Od té doby secesní budova, která byla vyhlášena kulturní památkou, chátrá. Okolo roku 2000 se o adaptaci výpravní budovy snažila společnost Nádražní s. o., plánovala zde zřídit kulturní centrum s výstavní síní, grafickým studiem, ateliéry a promítacím sálem. Plán byl ovšem zamítnut. V roce 2006 převzaly areál České dráhy a o rok později budovu prodaly so
ukromé společnosti TIP Estate s. o. za bezmála 43 milionů korun. Nový majitel protiprávně strhl čekárnu, která stála mezi kolejemi a kterou s hlavní budovou spojoval podchod. Za to dostal stotisícovou pokutu od magistrátu. Budova dál chátrala. Až v roce 2008 předložil majitel a investor projekt na přestavbu nádraží. U historické budovy by měly vyrůst dvě prosklené věže, ve kterých by měly být kanceláře, wellness cntrum, obchody a desítky parkovacích míst. Návrh rozporovali památkáři a odmítla ho i Městská část Praha 2. Na začátku letošního roku však došlo ke zlomu. Městská část přepracovaný projekt odsouhlasila. Oproti první variantě musely být redukovány objemy přístaveb, zvětšil se jejich odstup od historické budovy, tak, aby nezakrývaly výhled na Vyšehrad. Základní koncept návrhu ale zůstal nezměněný. Proces ještě není u konce - probíhá územní řízení, v němž se rozhoduje o vydání územního povolení. S největší pravděpodobností však vlastník svůj projekt zrealizuje.